教育部设18个职能司。
办公厅
综合协调部机关重要政务、事务，负责文件运转和管理；负责部长办公会、部级工作会议等重要会议的组织安排并督办；负责新闻宣传以及文秘、档案、保密、信访、保卫等工作。
研究室
负责教育改革与发展战略的研究井就重大问题进行政策调研；规划并起草综合性教育法律、法规草案。
发展规划司
制定全国教育事业发展的中长期规划；负责全国教育基本信息统计、分析；负责高等学校管理体制改革和布局、结构的调整；拟定普通高等学校招生计划，研究提出各类高等学校设置标准，审核高等学校的设置、撤销和更名；负责教育部直属高等学校的有关工作；管理直属高等学校和直属单位的基建投资。
人事司
负责直属高等学校、部机关与直属单位、驻外使馆教育处等干部人事、机构编制工作，规划并指导教师和教育行政干部队伍建设工作；协调并指导直属高等学校内部人事与分配制度改革。
财务司
参与拟定教育经费筹措和管理的方针、政策；统计并监测全国教育经费投人情况和执行情况；编制直属高等学校和直属单位经费的预算和决算；负责直属高等学校和直属单位的同有资产管理井监督资本运育；负责有关工商税务、财务检查、内部审计等方面的协调工作。
基础教育司
宏观指导基础教育工作和重点推动九年义务教育、扫除青壮年文盲工作，制定基础教育的基本教学文件及评估标准，指导教育教学改革；组织审定统编教材，规划教材建设工·作；指导中小学电化教育、图书和教学仪器设备配备工作；指导中小学德育工作、幼儿教育工作、残疾少年儿童的特殊教育工作。指导社会力量举办基础教育各类学校及教育机构的工作。
职业教育与成人教育司
统筹管理普通及成人中等职业学历教育、成人文化技术教育，编制中等职业教育的专业目录和教学指导文件；制定教学评估标准并指导实施工作；指导中等职业教育教学改革和教材建设；指导社会力量举办各类中等职业教育学校的工作以及职业证书考试。
高等教育司
统筹管理各类高等教育，规划并指导高等教育教学改革，制定学科专业设置目录、教学指导文件、指导性教材建设规划、教学仪器和实验设备基本配备标准；指导社会力量举办高等学校的工作。
民族教育司
指导并协调少数民族教育的特殊性工作；统筹规划井指导少数民族“双语”教学和教材建设；负责协调对少数民族地区的教育援助。
师范教育司
指导普通师范教育和在职教师的培训工作；制定各级各类师范院校培养目标、规格及师范教育基本专业目录，指导师范教育教学改革和师资培训工作。
教育督导团办公室
承办教育督导团的日常工作，组织国家督学对各地中等及中等以下教育的督导评估和检查验收，宏观指导各地的督导工作。
社会科学研究与思想政治工作司
规划高等学校杜会科学研究、马克思主义理论课和思想品德课建设工作井指导实施；负责高等学校党建、学生与教师的思想政治工作和稳定工作；规划并指导高等学校思想政治工作队伍的建设；负责直属高等学校和直属单位出版物的监督管理。
高校学生司
负责各类高等学校的招生及全国统一考试工作；负责各类高等教育学历和学籍管理工作；负责制定高校毕业生就业计划井组织实施，组织实施少量国家急需、应予保证的高校毕业生指令性分配计划。
科学技术司
拟定高等学校自然科学技术的发展规划；组织高等学校承担国家重大科技项目并指导实施；协调并指导高等学校国家重点实验室、工程研究中心及高等学校科技成果转化、高新技术产业发展和“产学研”结合等工作；负责教育系统信息化建设；在国家有关方针政策指导下和本部职责范围内，负责有关无线电管理工作；协调教育系统有关版权和专利等方面的工作。
体育卫生与艺术教育司
宏观指导学校体育、卫生健康和艺术教育上作，制定有关体育、卫生、艺术教育教学的指导性文件；协调大中学学校及学生参加国际体育竟赛和艺术教育等交流活动；规划并指导有关的专业教材建设、专业师资培训；指导并协调学校国防教育和学生军训工作。
语言文字应用管理司
拟定语言文字工作的方针、政策和中长期规划；监督检查语言文字的应用情况；指导语言文字改革；组织推行《汉语拼音方案》，指导推广普通话工作以及普通话师资培训工作。
语言文字信息管理司
研究井审定语言文字标准和规范，制定语言文字信息处理标准；指导地方文字规范化建设；负责少数民族语言文字规范化工作，指导少数民族语言文字信息处理的研究与应用。
国际合作与交流司
负责教育的国际合作与交流；统筹管理出国留学和来华留学工作；按有关规定管理教育援外和外援项目；规划并指导对外汉语教学工作；指导驻外使馆教育处的业务工作。开展同香港特别行政区及澳门、台湾地区的教育交流工作。机关党委。负责部机关和在京直属单位的党群工作。
国务院学位委员会办公室、中国联合国教科文组织全国委员会秘书处仍设在教育部，其行政编制包括在教育部行政编制总数内。
